Non ho molto consigli da darti, a Parigi ci sono stata 7 anni fa per un w.e.
Però mi ricordo che la zona di Saint Germain dès Pres era molto carina per soggiornare un hotel, molto caratteristica e praticamente sulla Senna.
Eviterei Pigalle a Place Blanche (via a luci rosse) e mi sa che anche MontMartre non è il massimo per alloggiare, ma forse nel frattempo la zona è cambiata.
Per i trasporti è servitissima, si può fare un abbonamento (che si chiama(va) Paris Visite) cumulativo per 3, 5, 7 giorni, che puoi estendere a più o meno arrondissement (che sono le zone in cui è suddivisa la città, dal centro alle periferie)