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Penso che per te l'ideale sarebbe caldaia a condensazione più valvole termoregolatrici ai singoli termosifoni http://www.caroligiovanni.it/flex/cm/pages/ServeBLOB.php/L/IT/IDPagina/715
Tra l'altro c'era l'incentivo fiscale per impianti di questo tipo, non so però se lo danno ancora

le valvole termostatiche già le ho sui termosifoni

Io ho un caminetto a pellets, che mi scalda tutta la casa, circa 60/70 mq, su due piani.
Te ne posso parlare bene.
Per il problema di cui tu parli, ovvero che non ti fa scattare il termostato delle camere, potresti regolarti così:
imposti la temperatura che dovra' tenerti la stufa e da "quei gradi in poi" imposti la partenza del riscaldamento.
Una cosa alla "buona", ma credo fattibile.